Trường THCS Doi Lầu được thành lập theo Quyết định số 32/UBND ngày 29 tháng 8 năm 2026 của Ủy ban nhân dân huyện Cần Giờ.
Trường có khuôn viên rộng 18.757 m2, có tường rào bao bọc xung quanh. Trường có 15 phòng học, các phòng bộ môn, phòng chức năng, có sân chơi sạch sẽ, có nhà đa năng và các công trình phụ với trang thiết bị, đồ dùng dạy học tương đối đầy đủ, hiện đại đáp ứng được nhu cầu giảng dạy và học tập. Trường nằm cách đường Rừng Sác 9 km, cách trung tâm xã An Thới Đông khoảng 14 km đường bộ; cách trung tâm xã Lý Nhơn khoảng 10 km. Học sinh của trường chủ yếu là con em của nhân dân ấp Doi lầu, xã An Thới Đông và ấp Lý Hòa Hiệp, xã Lý Nhơn.
Từ ngày thành lập năm 2006 đến năm học 2011 - 2012, mặc dù có quyết định thành lập nhưng trường chưa có cơ sở riêng biệt, hoạt động chung với Trường Tiểu học Doi Lầu nên gặp nhiều khó khăn. Từ năm học 2012 - 2013, trường được xây dựng riêng biệt trên đất xã Lý Nhơn với cơ sở vật chất và lực lượng giáo viên mới được bổ sung, chất lượng giáo dục của nhà trường ngày càng được nâng lên, từng bước đáp ứng được các yêu cầu kiểm định chất lượng giáo dục.
Kể từ ngày thành lập, đội ngũ Cán bộ quản lí nhà trường cũng có sự thay đổi cho phù hợp với từng nhiệm vụ:
- Năm học 2006 - 2007:
+ Hiệu trưởng: Thầy Trần Thành Lâm
+ Phó Hiệu trưởng: Thầy Phạm Văn Công
- Năm học 2007 - 2008 đến năm học 2009 - 2010:
+ Hiệu trưởng: Thầy Phạm Văn Công
+ Phó Hiệu trưởng: Thầy Nguyễn Văn Sáng
- Năm học 2010 - 2011:
+ Hiệu trưởng: Thầy Đặng Thanh Hải
+ Phó Hiệu trưởng: Thầy Nguyễn Văn Sáng
- Năm học 2011 - 2012 đến năm học 2012 - 2013
+ Hiệu trưởng: Thầy Đặng Thanh Hải
+ Phó Hiệu trưởng: Thầy Võ Văn Mười
- Năm học 2013 - 2014 đến năm học 2020 - 2021:
+ Hiệu trưởng: Thầy Trương Hữu Phước
+ Phó Hiệu trưởng: Thầy Võ Văn Mười
- Năm học 2021 - 2022:
+ Hiệu trưởng: Thầy Võ Văn Mười
+ Không có Phó Hiệu trưởng
- Từ năm học 2022 - 2023 đến nay:
+ Hiệu trưởng: Thầy Võ Văn Mười
+ Phó Hiệu trưởng: Thầy Huỳnh Sơn Bình
Với sự nỗ lực, phấn đấu của đội ngũ, từ ngày thành lập đến nay, nhà trường đã đạt nhiều thành tích trong công tác giảng dạy và học tập.